中心孤独症儿童康复科成立于2005年9月是中心在“十一五”期间重点建设的业务科室之一。科室任课教师均为本科以上学历，其中高级职称1人，中级职称1人，全国孤独症儿童康复学科带头人3人，省级师资培训师3人。配有专业的评估室、个别化训练室、语言训练室、蒙氏教室、感觉统合训练室、音乐治疗室、听觉统合训练室、情绪干预室、眼动训练室等多间专业康复教室。
2007年科室成为全国孤独症儿童康复训练试点机构，2009年成为中残联孤独症儿童康复项目的定点机构，2013年被评为“全国创新进步达标单位”并当选为全国孤独症机构服务协会理事单位，2017年组织筹建了湖南省残疾人康复协会孤独症康复专业委员会。
科室提倡以促进家庭教育为基础、加强儿童人际交往和社会性发展为早期康复目标、融合教育与个别化训练相结合的康复理念。探索并逐步形成了自闭症儿童“自我建设——同伴交往——社交建立——自主交往”四级融合的“自闭症儿童环岛融合康复模式”。主编了《孤独症儿童游戏集》、《孤独症儿童家庭康复》、《孤独症儿童环岛融合康复模式》、《孤独症儿童融合课程纲要》等专业书籍，组织并参与多个省级、国家级课题，累计30多篇论文发表。
作为全省孤独症儿童康复的技术示范窗口，承担着孤独症儿童康复训练与服务、康复技术人才培养、社区康复服务指导、康复信息咨询服务、康复知识宣传普及、康复研究和残疾预防等工作。自2013年开始承担全省孤独症儿童康复教师资格认证培训和考核工作；是全省孤独症儿童定点康复机构的教师进修基地；也是国内多所大学的实习基地。
自闭症康复科（2017年9月正式更名）
走廊
奥尔夫音乐教室
感统教室
蒙台梭利教室
美工教室
情绪干预仪教室
听觉统合教室
个别化训练教室
正在上课中
